Nach dem erhaltenen Befund handelt es sich um eine für das Mittelrheingebiet typische sog. „Viersäulenkrypta“, die in den anstehenden Fels eingetieft wurde. Sie besteht aus einem quadratischen Chorgeviert mit vier tragenden Säulen im Innenraum, sechs wandgestützen Säulen und einer im Osten gelegenen Apsis mit Altarfundament. Im Westen war zudem der alte Eingangsbereich mit partiell erhaltenen Treppen-Fundamenten erhalten. Der in den Fels eingeschrotete Kryptaraum war nach allen Seiten mit einer Bruchsteinmauer bis zur heute nicht mehr erhaltenen Chorplattform eingefasst. Insgesamt vier freistehende Säulen, von denen nur noch die Podeste der Standflächen vorhanden waren, trugen das Gewölbe. Von zwei Wandsäulen waren noch die Basen aus Trachyt erhalten. Die Größe der Krypta lässt sich anhand des archäologischen Befundes genau rekonstruieren. Das Chorgeviert hatte ein Innenmaß von 6,50 m x 6,50 m, die Abstände der Säulen zueinander betrugen etwa 2,50 m. Das Altarfundament im Bereich der Apsis mit einer Größe von 2,20 m x 1,00 m war rechteckig aus Bruchsteinen gemauert und mit Tuff verkleidet. Der heute sichtbare Bauzustand gehört nach Größe, Ausstattung und den in situ erhaltenen Architekturteilen in das 12. Jh.

Sondagen im Innenraum der Krypta unter dem Fußboden erbrachten überraschenderweise Planierungsschichten, aus denen Fundmaterial des 10./11. Jh. geborgen wurde. Diese Schichten sind zum Zeitpunkt der Kryptaeintiefung in den Fels als Ausgleichsschicht aufgebracht worden. Weiterhin wurde im Innenraum unmittelbar zwischen Apsis und Altar eine weitere kleinere Apsis freigelegt und dokumentiert, die nach dem archäologischen Befund vor das 12. Jh. datiert und zu einer älteren Bauphase der Krypta gehören muss. Die bisherigen Erkenntnisse nach dem archäologischen Befund deuten auf eine kleinere, ältere Krypta an dieser Stelle hin, die im 12. Jh. erweitert und auf den jetzt sichtbaren Zustand verändert wurde.

Der Krypta-Innenraum ist nach den Funden gegen Ende des 17. Jh. abgebrochen und verfüllt worden. Diese grundlegenden Nutzungsveränderungen des mittelalterlichen Baukörpers können durchaus mit den massiven Zerstörungen nach der Stadtbeschießung 1688 durch die Truppen Ludwig XIV. von Frankreich zusammenhängen. Im frühen 18. Jh. wurden dann an der Stelle des mittelalterlichen Sakralbaues eine neue Kirche errichtet und für diesen barocken Neubau in die Verfüllung der alten Krypta mächtige Fundamentlager eingebracht. 

(„Die archäologischen Untersuchungen im Bereich des Fort Konstantin auf dem Beatusberg in Koblenz“ von Axel von Berg aus „Andacht & Krieg“, der Festschrift zum 10-jährigen Jubiläum PRO KONSTANTIN e. V., ISBN 39807361-5-6, Erscheinungsjahr 2004)